A alma do Pantanal é o Rio Paraguai, cujas cabeceiras estão em Mato Grosso. A região é marcada por estações bem definidas de chuva e seca. Na atual estação de chuvas, as precipitações, principalmente nas cabeceiras do Paraguai, elevam o nível do rio, que transborda e gradativamente alaga primeiro a porção norte do Pantanal, depois a parte central e sul. As lagoas (ou baias) do Pantanal são berçários de peixes, que atraem aves e toda uma extensa cadeia de predadores. A exuberância da fauna e flora na cheia atrai turistas, principalmente para a sub-região de Poconé (MT) e ao longo da Estrada Transpantaneira e da Estrada Parque, na região de Miranda e Corumbá (MS).